לקראת סיום | |
שלום לכולם הקורס עבור כולכם (כמעט) כבר תם ונשלם, תודה לכולכם על המאמץ הניכר שהשקעתם כך שכל אחד מכם לימד גם אותי וגם את חבריו נושא או שניים מאד מעניינים. יש לי כמה הארות והודעות אלף. אשמח לקבל באימייל פרטי את חוות דעתכם על הקורס. לדעתי ייתכן שהעמסתי קצת יותר מידי עליכם קשה לי לשפוט כי בקורס המתקדם האחר שאני מלמד לכאורה יש הרבה פחות עומס, אך בפועל - המאמרים שם בדרך כלל הרבה יותר קשים להבנה ומורכבים איך אומרים בכל מיני מסעדות (בזמנים אחרים, כשהיו דברים כאלו)? לא נהניתם - ספרו לנו, נהניתם - ספרו לחבריכם הקורס יתקיים גם באביב הבא עלינו לטובה - ובטעות לא שמתי סילבוס אלא רק לפני כיומיים, כך שמרבית הסטודנטים בכלל לא מודעים לקיומו תנאי הקבלה זהים לשנה שעברה - וכמו שנה שעברה - מתישהו אגביל את מספר הנרשמים אם יעבור סף מסויים כתבתי - לא נהניתם ספרו לי אבל האמת שאשמח גם לפידבק חיובי (אם יש) שיגיע אלי באימייל ולא רק להערות :-) בית. כנס אילסול (תחילת החיים ואסטרוביולוגיה) מתקרב ויתרחש ב20 לאפריל, ומי שמעוניין להרשם מוזמן! לאור הקורונה, הכנס כנראה יתקיים בזום על מנת להירשם כל שיש לעשות זה להיכנס ללינק כאן, ולמלא טופס הרשמה https://www.ilasol.org.il/ גימל. מי שמעוניין - מוזמן ללמוד על אבולוציה של הגנום מהאתר של איתי ינאי, אני למדתי אצלו לפני כעשור בתור שומע חופשי וממש נהניתי הנה שני לינקים שאיתי שלח לי עבורכם https://thesocietyofgenes.org/2016/02/18/teaching-evolution/comment-page-1/#comment-7 https://thesocietyofgenes.org/2016/03/20/how-to-teach-a-course-on-genome-evolution/comment-page-1/#comment-6 דלת. יש מצב שאשקיע ואערוך את הקלטות הזום למען כיתה-הפוכה פה ושם, מי שמעוניין יוכל לשאול אותי בעוד כמה חודשים אם אכן זה קרה/קורה/יקרה דבר אחרון: ייתכן שחלק מכם יתבקשו לשלוח לי גירסא עם עידכונים קלים, השאיפה שלי הינה שבערך מחצית ההרצאות והסיכומים יועלו לאתר הקורס לטובת הדורות הבאים להתראות בשמחות |
עדכון אחרון ב-20/1/2021, 19:29:09 Last updated on 20/1/2021, 19:29:09 Последняя модификация20/1/2021, 19:29:09 تمت الحتلنة الأخيرة ب-20/1/2021, 19:29:09 |
A fresh request | |
שלום לכולכם מקווה מאד ששרדתם היטב את הקיץ הקורונה המבחנים והסגר חלק קטן מכם קיבלו ציון כבר (אגב - לפני שאני מגיש למזכירות אני מדווח לסטודנט.ית באימייל, כך שאין צורך לרוץ ולחפש בגיליון הציונים כי משם לא תבוא ידיעה מפתיעה!), וחלק נוסף יקבל בימים הקרובים. מי שהגיש לי מאד מאוחר (או אם היה הבדל דרמתי בגירסא מהתקופה האחרונה לעומת גירסא ראשונית) - ייקח לי עוד זמן כי אני מנסה לקדם ראשית ולסיים בדיקה עבור מי שהגיש הכל ברמה סבירה וברורה ונכונה כבר מזמן חשוב לי לבקש כי כנראה שכחתי במהלך הקורס: אנא תוסיפו תאריך לכל גירסא של מצגת או עבודה-סופית, החל מהיום (אם לא התרגלתם קודם לכן), שאתם שולחים לי, כי אחרת אני עלול לבדוק גירסא ישנה בטעות או לתת הערות לא רלוונטית או על העמוד/שקף במיספור הלא נכון גם מאד עוזר אם אכן יש מספור לעמודים/שקפים כמו כן מכמה כבר ביקשתי אישית: שבתחילת העבודה הסופית תמיד יופיע או מתחת לכותרת או באבסטרקט שם המאמר המרכזי או שני המאמרים המרכזיים אם אכן מבוסס על שניים, הרלוונטיים ביותר לעבודה תודה ומאחל שיהיה סמסטר חורף קל ונעים למרות המצב נ"ב בכוונתי לפרסם גרסאות סופיות באתר הקורס - למעט מקרה או שניים חריגים מאד אם מתברר לי שהמאמר שעליו מתבססים פשוט לא ניתן להבנה ולהסברה |
עדכון אחרון ב-18/10/2020, 23:16:37 Last updated on 18/10/2020, 23:16:37 Последняя модификация18/10/2020, 23:16:37 تمت الحتلنة الأخيرة ب-18/10/2020, 23:16:37 |
Manor's presentation added to material (a short version that I will present) |
פורסם ב-29/6/2020, 14:19:57 Created on 29/6/2020, 14:19:57 Создано29/6/2020, 14:19:57 تم النشر ب-29/6/2020, 14:19:57 |
Plan for this Monday | |
סטודנטים יקרים ראשית אני מתנצל מול כל מי שכתב לי ולא קיבל תשובה. בגלל שהשבוע הינו השבוע האחרון ללימודים אז אני מחוייב להתמקד בכך שיהיו שלש הרצאות מוכנות (ויש לי גם קורס נוסף של נושאים מתקדמים ביום רביעי), ולכן כל אימייל פחות דחוף - אענה בסופ"ש או בתחילת השבוע הבא. עימכם הסליחה ביום שני יפתח ליעד שיספר לנו על ההבדל בין התנהגות נמלה בודדת לעומת התנהגות קן נמלים, לכל המסתקרנים - המצגת כבר באתר שתי המצגות האחרות עדיין לא מועלות לאתר, שוהם יספר לנו על מודל שכנראה משלב היטב גם מערכות כימיות מתות וגם מערכות כימיות חיות, מודל שנקרא דינמיקה קינטית יציבה, המהווה הכללה של מודל מקובל וידוע שנקרא סטטיקה קינטית יציבה. למשל נהר זורם הינו משהו שעונה למודל של סטטיקה קינטית יציבה ואילו נהר שתוך כדי זרימה גם מתחפר ומתרחב וכתוצאה מההתעמקות וההתרחבות מצטרפים אליו עוד פלגים ונחלים הינו משהו שעונה למודל של דינמיקה קינטית יציבה. אז שוהם ייקשר זאת למערכות כימיות הנקראות ראפליקאטורים, ואגב - לדעתי סטים אוטוקטליטיים הם מקרים פרטיים של ראפליקאטורים מנור בנה מצגת בנוגע לסטים אוטוקטליטיים המכילים בתוכם מספר כלשהו (ייתכן אפילו אקספוננציאלי) של סטים אוטוקטליטיים קטנים יותר לבקשתו של מנור אני אציג במקומו שתי המצגות הללו עדיין מתעדכנות ולא אעלה אותן בינתיים להתראות טל |
עדכון אחרון ב-29/6/2020, 00:13:03 Last updated on 29/6/2020, 00:13:03 Последняя модификация29/6/2020, 00:13:03 تمت الحتلنة الأخيرة ب-29/6/2020, 00:13:03 |
Plans for today and for the rest of this semester | |
Dear Students, Today Ami will talk first, then Shaked, then Liam. If i recall well - these are all either deep projects (or might be the first half of a deep project). If time permits, I might start to show Manor's slides [in any case, Manor asked me that I will present instead of him] , it is also half of a deep project. Next week of course I'll finish Manor's presentation (also about ACS). Then we will have Shoham's deep project (if i recall well, it is deep) on "dynamic kinetic stability" that can potentially describe both pre-life chemical systems and living systems. Liad will talk about Ant Colonies (shallow project). All the students that submitted or will soon submit a second shallow project: We will not be able to force anyone to present or to listen, but you are ALL welcome to present and to listen. We will need to set TIME for that. Again - not mandatory to present or to listen. The slides of ALL second shallow projects will be put on the webpage and CAN be used for HW as I clarified in the HW tasks a long time ago. I do not recall if I set a date for the second shallow project.... but probably I did. If not, I will do :-) I think most send me at least for a first iteration. |
עדכון אחרון ב-22/6/2020, 12:51:23 Last updated on 22/6/2020, 12:51:23 Последняя модификация22/6/2020, 12:51:23 تمت الحتلنة الأخيرة ب-22/6/2020, 12:51:23 |
Plan for today and two lectures for today - see material |
פורסם ב-15/6/2020, 14:16:28 Created on 15/6/2020, 14:16:28 Создано15/6/2020, 14:16:28 تم النشر ب-15/6/2020, 14:16:28 |
Plans (today and next Monday, etc.) | |
Dear Students: a. Today: I hope to succeed and finish THREE lectures -- see material. If there will be more time, I can present also something. b. Time is running out! Students that do two shallow projects: You must send me a presentation in the coming 3-4 days, so that you are ready (after iterations) for next Monday with the first project. Students that do a deep project on ACS: You must send me a presentation in the next 7-8 days, so that you are ready (after iterations) by the Monday after.. Students that do a deep project on the bio-chemistry leading to the genetic code - please emails me TODAY and tell me your status and progress so we can plan the timing. Students that do two shallow projects: I cannot promise that you will be able to present the *second* one to class before end of semester; please emails me so we can plan if you really want to present it to class. |
עדכון אחרון ב-8/6/2020, 13:44:04 Last updated on 8/6/2020, 13:44:04 Последняя модификация8/6/2020, 13:44:04 تمت الحتلنة الأخيرة ب-8/6/2020, 13:44:04 |
Today's plan | |
Omer Taub will talk about Life on other planets. I will present Michelle Goldin's slides about RNA world Both presentations are online (see material) |
עדכון אחרון ב-1/6/2020, 13:25:03 Last updated on 1/6/2020, 13:25:03 Последняя модификация1/6/2020, 13:25:03 تمت الحتلنة الأخيرة ب-1/6/2020, 13:25:03 |
Two important papers I forgot to put in LIST 3 | |
Once in a while I might remember an important paper or two that I forgot to write in LIST 3. Here are two papers, by Moran Frenkel-Pinter (with more coauthors). She gave a Plenary Talk at ILASOL 2020 in March. She claims that Depsipeptides (please see definition in Wiki) may solve the severe ACTIVATION PROBLEM (attaching metalic ion to a single or a few aminoacid or nucleotides) that Itay and I mentioned, when we discussed non-enzymatic cross-template-replication. A similar ACTIVATION is also needed for charging tRNA. 1. "Prebiotic Peptides: Molecular Hubs in the Origin of Life", Chemical Reviews (2020) 2. "Selective incorporation of proteinaceous over nonproteinaceous cationic amino acids in model prebiotic oligomerization reactions", PNAS (2019) |
עדכון אחרון ב-1/6/2020, 00:43:43 Last updated on 1/6/2020, 00:43:43 Последняя модификация1/6/2020, 00:43:43 تمت الحتلنة الأخيرة ب-1/6/2020, 00:43:43 |
No panic! New HW assignments | |
HW 4: a short reading and writing task. Due date 13/June. HW 5 (and whoever wants, also HW 6): give feedback to others. Due date - up to two weeks after a presentation, so that the student who presented can learn from your feedback and improve things. |
פורסם ב-31/5/2020, 21:07:40 Created on 31/5/2020, 21:07:40 Создано31/5/2020, 21:07:40 تم النشر ب-31/5/2020, 21:07:40 |
LIST 3 (hopefully final) of papers for PROJECTS is uploaded | |
Please see in the HW Section here. |
פורסם ב-31/5/2020, 04:31:13 Created on 31/5/2020, 04:31:13 Создано31/5/2020, 04:31:13 تم النشر ب-31/5/2020, 04:31:13 |
Added for TODAY: two files (see "material") | |
a. Improved/modified lecture of Itay Fayerverker b. Lecture of Omer Taub For all of you who did not send me anything yet - it becomes more and more urgent For those of you interested in doing one deep project - the two topics (I remind you) are ACS and emergence of translation. I recently published a long list of papers about ACS Today, after you will hear Itay's second half of his talk, you will know all the relevant terms, and then (later today) I intend to publish a long list of papers about emergence of translation (coded-life). Please feel free also to search (wiki, google, google scholar) and suggest other papers that you think are relevant. |
פורסם ב-25/5/2020, 13:37:05 Created on 25/5/2020, 13:37:05 Создано25/5/2020, 13:37:05 تم النشر ب-25/5/2020, 13:37:05 |
LIST 2 of papers for PROJECTS added into course material (in the same folder where LIST 1 is) |
פורסם ב-20/5/2020, 03:04:49 Created on 20/5/2020, 03:04:49 Создано20/5/2020, 03:04:49 تم النشر ب-20/5/2020, 03:04:49 |
Itay's lecture on COPACS (from 2018) attached in course material |
פורסם ב-18/5/2020, 11:14:29 Created on 18/5/2020, 11:14:29 Создано18/5/2020, 11:14:29 تم النشر ب-18/5/2020, 11:14:29 |
Please see news (and uploaded files) in the course material section |
פורסם ב-18/5/2020, 01:42:39 Created on 18/5/2020, 01:42:39 Создано18/5/2020, 01:42:39 تم النشر ب-18/5/2020, 01:42:39 |
Plan for today | |
Part 3 of lecture 5 uploaded Also uploaded first student lecture, by Matan Mandel If time permits, I plan also to present (or at least start) Lecture 6 - which was uploaded last week. |
עדכון אחרון ב-11/5/2020, 03:49:04 Last updated on 11/5/2020, 03:49:04 Последняя модификация11/5/2020, 03:49:04 تمت الحتلنة الأخيرة ب-11/5/2020, 03:49:04 |
Some news | |
Part 2 of Lecture 5 - uploaded (there will be also part 3....) Lecture 6 - uploaded. Not sure if I'll start it this week or if it will wait for the next one. [I still need to complete the last slides of lecture 4, this Monday] In the coming lecture (this Monday), I will surely give some time to the students (not to all, maybe 4-7 student, about 5 minutes each) to describe interesting things from the homework you did. So please spend 10-20 minutes to think what you can tell that may be interesting (it can be from HW 1,2,3). Some comments about preparing a presentation and a "project": a. The best approach is to prepare both of them at the same time, or prepare the presentation first. b. Instructions appear on the web-page here; I believe. One comment - the project-paper needs to look like a real paper. This means title, your name (+ID), abstract, sections, references. As you see in papers. When there is a reference, the text needs to refer to it, at least in one place (as in any paper you see). Please also include in the title (or a subtitle) the course number and year (spring 2020), and the name of the lecturer (Tal Mor) c. I am also preparing these days another list of papers that can be chosen for the project(s). d. Sorry - I got many emails and I did not yet succeed to reply to all. |
פורסם ב-3/5/2020, 02:56:11 Created on 3/5/2020, 02:56:11 Создано3/5/2020, 02:56:11 تم النشر ب-3/5/2020, 02:56:11 |
תכנית כללית + פירוט בנוגע להכנת מצגות | |
הועלתה לאתר התכנית הכללית (זו שבעבר נשלחה באימייל), ובנוסף, בהערות - הוספתי הסבר מפורט על הכנת מצגת, אורך מצגת, לו"ז מומלץ, וכדומה |
עדכון אחרון ב-24/4/2020, 04:28:12 Last updated on 24/4/2020, 04:28:12 Последняя модификация24/4/2020, 04:28:12 تمت الحتلنة الأخيرة ب-24/4/2020, 04:28:12 |
קבוצה בפייסבוק | |
אז עלה הנושא של קבוצה בפייסבוק אם כי אני לא מבטיח שאצטרף אמיר דחבש הרים את הכפפה, והנה הלינק https://www.facebook.com/groups/843777609456549/ בתקווה שיהיו שיחות פוריות |
פורסם ב-23/4/2020, 15:21:02 Created on 23/4/2020, 15:21:02 Создано23/4/2020, 15:21:02 تم النشر ب-23/4/2020, 15:21:02 |
Sorry - WRONG COURSE (I teach two advanced topics in this semester, it is confusing) |
עדכון אחרון ב-22/4/2020, 12:54:39 Last updated on 22/4/2020, 12:54:39 Последняя модификация22/4/2020, 12:54:39 تمت الحتلنة الأخيرة ب-22/4/2020, 12:54:39 |
Lecture 4 (FUCA/LUCA) added | |
Please try to print or at least upload to your PC before class |
פורסם ב-20/4/2020, 13:53:04 Created on 20/4/2020, 13:53:04 Создано20/4/2020, 13:53:04 تم النشر ب-20/4/2020, 13:53:04 |
Slides about ACS and template replication are uploaded |
פורסם ב-20/4/2020, 02:41:16 Created on 20/4/2020, 02:41:16 Создано20/4/2020, 02:41:16 تم النشر ب-20/4/2020, 02:41:16 |
שני פרסומים (משימות) חדשים הועלו לאתר | |
פורסם תרגיל בית מספר 3, משימות הקריאה בו יותר דחופות, ומשימת הכתיבה פחות דחופה. פורסמה גם רשימה ראשונה של מאמרים, לצורך הפרויקט. חשוב מאד קודם לקרוא (ולבצע חלקים) את תרגיל בית 3, לפני שבוחרים מאמר(ים) לצורך הפרויקט שיהיה חג שמח ושתהיו בריאים טל |
פורסם ב-10/4/2020, 15:14:06 Created on 10/4/2020, 15:14:06 Создано10/4/2020, 15:14:06 تم النشر ب-10/4/2020, 15:14:06 |
Lecture 3 added to material | |
Please try to have it printed ,so that you can write comments on it during class |
פורסם ב-6/4/2020, 03:31:43 Created on 6/4/2020, 03:31:43 Создано6/4/2020, 03:31:43 تم النشر ب-6/4/2020, 03:31:43 |
המפגש היום | |
שלום לכולם מספר פגישת הזום - כמו לפני שבוע, אותו המספר עד תום הסמסטר שעת קבלה לקורס תהיה מופרדת משעת הקבלה שלי לקורס השני אותו אני מלמד, ותהיה מייד לאחר השיעור שלנו, בכל יום שני בהכנה לשיעור היום, במידה ולא הייתי ברור: אנקדוטה שאומרת לאורגניזם אלף ולאורגניזם בית יש אב משותף, כמובן שאינה אנקדוטה, כי הרי ברור שיהיה אב משותף (למעט העניין של הארכאי הראשון והחיידק הרגיל הראשון, שיש עליו סימן שאלה). אנקדוטה חייבת להיות משהו מפתיע לגבי צילום ההרצאה בוידיאו - אני עדיין בהתלבטות וצריך ללמוד את הנושא אם כי אוטומטית אני כן מפעיל את האופציה הזו להתראות בקרוב |
עדכון אחרון ב-30/3/2020, 11:45:38 Last updated on 30/3/2020, 11:45:38 Последняя модификация30/3/2020, 11:45:38 تمت الحتلنة الأخيرة ب-30/3/2020, 11:45:38 |
פורסמו באתר הרצאה 2 וגם תרגיל בית 2 | |
חשוב מאד שתקראו את הרצאה 2 ואת תרגיל 2 כבר לפני ההרצאה הקרובה החלקים בהם נדרשת כתיבה בתרגיל בית 2 - פחות דחופים, יש לצורך אלו שמונה ימים |
עדכון אחרון ב-27/3/2020, 03:44:33 Last updated on 27/3/2020, 03:44:33 Последняя модификация27/3/2020, 03:44:33 تمت الحتلنة الأخيرة ب-27/3/2020, 03:44:33 |
מפגש זום ביום שני ב-14:30 | |
קוד המפגש 607-798-197 כלומר Join URL: https://technion.zoom.us/j/607798197 מזכיר שיש חובת נוכחות, שיש לקרוא את חומר ההרצאה לפני המפגש, ושמומלץ גם לעשות את תרגיל הבית לפני המפגש מטרת המפגש היא בעיקר שתשאלו שאלות ושיהיה דיון מעניין להתראות |
פורסם ב-23/3/2020, 00:01:14 Created on 23/3/2020, 00:01:14 Создано23/3/2020, 00:01:14 تم النشر ب-23/3/2020, 00:01:14 |
רשימת אימיילים "פרטית" וגם בוובקורס | |
שלום לכולם חשוב לי שתהיה התאמה בין רשימת הסטודנטים המקבלים אימיילים דרך הוובקורס, לבין אלו שמקבלים אימיילים ישירות ממני לכן אשלח כעת הודעה דומה, גם כאן בוובקורס, וגם באימייל פרטי לכולכם אם מישהו או מישהי משום מה לא מופיע.ה באחת הרשימות, בבקשה לעדכן אותי להתראות ביום ב' בכיתה ההפוכה (דרך זום) - ואני מדגיש שיש חובת נוכחות לרשומים רשמית לקורס [שימו לב גם להודעה שנשלחת במקביל, בנוגע לקריאה של הרצאה 1 וללו"ז של תרגיל בית 1] תודה ושתהיו בריאים טל |
פורסם ב-22/3/2020, 00:01:02 Created on 22/3/2020, 00:01:02 Создано22/3/2020, 00:01:02 تم النشر ب-22/3/2020, 00:01:02 |
Lecture 1 and HW 1 published in the course website. | |
This HW is simple and short (and based only on Lecture 1). Please try to submit *BEFORE* the first class on Monday. The lecture will be via ZOOM. It will be like a flipped-classroom, so (again) please read the lecture *BEFORE* class. |
עדכון אחרון ב-21/3/2020, 23:55:18 Last updated on 21/3/2020, 23:55:18 Последняя модификация21/3/2020, 23:55:18 تمت الحتلنة الأخيرة ب-21/3/2020, 23:55:18 |
שלום לכולם - נושאים די דחופים | |
ברוכים הבאים לקורס המתקדם בחישוב מדעי - קורס בנושא תחילת החיים ותחילת הקוד הגנטי ============================================================== א. ביום שני יתקיים המפגש הראשון שלנו ב"זום". האם כולם כבר יודעים כיצד להתחבר? שכל אחד ייענה לי באימייל פרטי ב. שלחתי אימייל (באופן פרטי, לא דרך הוובקורס) לכל מי שביקש להיות רשום לקורס, וגם לכל מי שביקש להיות שומע חופשי. אך ייתכן שעדיין ישנה אי-תאימות בין מי שרשום כאן באתר לבין מי שברשימת האימיילים שלי. גם את זה כדאי לסגור מולי בדחיפות באימייל פרטי קריטי לי כמובן שרשימת האימיילים אליהם אני שולח הודעות תהיה זהה לרשימה של הסטודנטים שמקבלים באימייל את ההודעה הזאת כך שכל מי שרואה את ההודעה באתר אך לא קיבל אימיילים לפני כן - שיודיע לי. את השומעים החופשיים אני אמור להוסיף ידנית (והוספתי כעת), והמסטרנטים, אם יש בקורס, סביר שעדיין לא נקלטו במערכת או עדיין לא נרשמו פורמאלית את הדפים ששלחתי באימייל - בהקדם גם אשים כאן בוובקורס תהיו בריאים להתראות ב"זום" - טל |
עדכון אחרון ב-17/3/2020, 19:19:15 Last updated on 17/3/2020, 19:19:15 Последняя модификация17/3/2020, 19:19:15 تمت الحتلنة الأخيرة ب-17/3/2020, 19:19:15 |